Une stèle antique, la "Pierre Écrite", rappelle que ce village ancien existait à l'époque gallo-romaine. Il est situé sur le tracé du chemin de Bibracte à Alésia, récemment balisé pour les promeneurs.

Le château, que l'on aperçoit depuis le centre du village, date du Moyen Âge. Il fut remanié au XVIIe siècle. Il a probablement remplacé d'autres maisons fortes telles que La Crémaine et la Tour d'Ocle dont subsistent quelques vestiges. Sous l'Ancien Régime, Alligny était le siège d'une importante seigneurie dont l'un des barons, Pierre Quarré d'Alligny fut élevé au rang de comte par Louis XIV en 1676.

L'église date du XIIe siècle et fut également remaniée ultérieurement. Elle abrite une piétà en bois peint datant du XVIe siècle et un tympan intérieur en cuivre repoussé de Marc Hénard.

Le relais de poste situé sur la route de Saulieu à Autun, passant par Pierre-Écrite et ouverte à la fin du XVIIIe siècle, était fréquenté par un service de diligences. Napoléon s'y arrêta à son retour de l'île d'Elbe, en 1815.

Une mine de plomb argentifère fut exploitée à plusieurs reprises au hameau de la Place. Découverte en 1640, elle fonctionna par intermittence aux XVIIIe et XIXe siècles et entre 1912 et 1930, elle employa jusqu'à soixantes ouvriers.

L'écrivain Jean Genet vécut à Alligny de 1910 à 1923. Un espace lui est dédié dans le Musée des Nourrices et des Enfants de l'Assistance publique, membre du réseau Ecomusée du Morvan, ouvert en 2016 au centre du bourg.

Pour en savoir plus sur cette commune, nous vous recommandons de visiter l'Observatoire du Parc à l'adresse suivante: https://www.parcdumorvan.org/le-parc/le-centre-de-ressources/lobservatoi...
Les cartes de l'Observatoire vous apporteront de nombreuses connaissances à l'échelle de cette commune (population, espaces naturels protégés, milieux aquatiques, etc.).